Používané materiály na zastřešení bazénu jsou odolné vůči vodě a vlhkosti, konstrukce nevyžaduje zvláštní údržbu. Co je však třeba pravidelně čistit, jsou nečistoty z povrchu polykarbonátu. Většinou stačí zastřešení opláchnout proudem vody. V případě silného znečištění je třeba omýt znečištěné místo mýdlovou vodou nebo jemnými saponátovými prostředky (například JARem).
Na čištění povrchu profilů a polykarbonátu se používá čistá houba nebo jemný kartáč, nesmí v něm však být zachyceny drobné nečistoty nebo písek. Nesmí být používány ani čistící abrazivní pasty, které mohou způsobit poškrábání povrchu polykarbonátu. Rovněž se vyhněte používání přípravků obsahujících benzol, benzín, aceton nebo čistící prášek. Vyvarujte se také čištění polykarbonátu v době, kdy je rozpálený od slunce.